Οι κατακόμβες βρίσκονται κοντά στο χωριό της Τρυπητής, σε σπηλιές 150 μέτρων πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας.
Το 2009 η Ιερά Σύνοδο ανακήρυξε τη Μήλο ως ιερό νησί, μιας και οι Κατακόμβες αποτελούν το αρχαιότερο μνημείο της χριστιανοσύνης. Ήταν ο πρώτος τόπος συγκέντρωσης των πρώτων Χριστιανών και το πρώτο κοινοτικό νεκροταφείο στα τέλη του 2ου μ.Χ. αιώνα. Οι Κατακόμβες της Μήλου είναι μοναδικές σε μέγεθος σε όλο τον Ελλαδικό χώρο και από τα πιο γνωστά και αξιόλογα Χριστιανικά μνημεία παγκοσμίως.
Το δαιδαλώδες αυτό συγκρότημα αποτελείται από τρεις μεγάλες  υπόγειες στοές (Α,Β,Γ) λαξευμένες στο πορώδες ηφαιστειογενές πέτρωμα, από πέντε διαδρόμους και έναν ορθογώνιο νεκρικό θάλαμο στη μορφή των cubicula των Κατακομβών της Ρώμης. Η κάθε κατακόμβη έχει διαφορετικό πλάτος και διαφορετικό ύψος . Το συνολικό του μήκος είναι 185 μέτρα και σήμερα σώζονται στα τοιχώματα των στοών 126 «αρκοσόλια» (λαξεμένοι αψιδωτοί τάφοι).
Η σημερινή μορφή των κατακομβών οφείλεται σε κάποιες επεμβάσεις του 20ού αιώνα. Σήμερα μπορείτε να επισκεφτείτε μόνο τη στοά Β, την Κατακόμβη των «Πρεσβυτέρων» όπως αποκαλείται και να κάνετε τον γύρω της πάνω σε μια ξύλινη πλατφόρμα. Στη δεξιά πλευρά αυτής της κατακόμβης σώζεται ο μοναδικός διώροφος τάφος των Κατακομβών και σπαράγματα της πιο σημαντικής επιγραφής γραμμένης με κεφαλαία κόκκινα γράμματα μέσα σε ορθογώνιο πλαίσιο. Στο κέντρο βρίσκεται ένας βράχος, όπου πιθανότατα να είχε ενταφιαστεί ένας από τους πρώτους επισκόπους της χριστιανικής κοινότητας της Μήλου και οι πρώτοι χριστιανοί τον χρησιμοποιούσαν ως Aγία Tράπεζα στις λειτουργίες τους.