Στον δρόμο προς τα Πολλώνια θα βρείτε στα αριστερά σας τα ευρήματα της αρχαίας πόλης της Φυλακωπής, η οποία είναι από τους σημαντικότερους οικισμούς του Κυκλαδικού πολιτισμού και η σημαντικότερη πόλη του προϊστορικού Αιγαίου.
Σε αυτήν σώζονται λείψανα 2 χιλιετιών. Υπάρχουν ίχνη κατοίκησης από την αρχή της Πρώιμης εποχής του Χαλκού (περίπου 3000 π.Χ.) έως και το τέλος της Ύστερης εποχής (1100 π.Χ.). Κτισμένη στο βόρειο τμήμα του νησιού, η Φυλακωπή έγινε μεγάλο εμπορικό και πολιτιστικό κέντρο. Χάρη στην εμπορία της πολύτιμης πέτρας του οψιδιανού, αναπτύχθηκε ραγδαία, απέκτησε δύναμη, όρθωσε κυκλώπεια τείχη για τους εισβολείς και καταστράφηκε και αναστήθηκε τρεις φορές.
Σήμερα το μεγαλύτερο μέρος της πόλης βρίσκεται κάτω από την επιφάνεια της θάλασσας, αλλά αξίζει να την επισκεφτείτε για να θαυμάσετε ότι σώζεται από το επιβλητικό κυκλώπειο τείχος του οικισμού, το Ιερό, καθώς και το Μέγαρο του οικισμού. Με την επίσκεψή σας στο Αρχαιολογικό Μουσείο μπορείτε να βρείτε θαυμαστά δείγματα κεραμικής τέχνης από την πόλη της Φυλακωπής, όπως πήλινα αγγεία, λίθινα, πήλινα και χάλκινα ειδώλια, πινακίδα Γραμμικής Α΄, ποικίλα χρηστικά αντικείμενα και την περίφημη «Κυρά της Φυλακωπής».